Mitsouko significa mistero in giapponese e trae il suo nome dall'eroina di un romanzo di Claude Farère che narra la vita appassionata della moglie di un ammiraglio giapponese nella guerra russo-nipponica del 1905.
La leggenda dice che la creazione di questa fragranza era stata ispirata da Chypre di Coty: Guerlain avrebbe lanciato Mitsouko, folle di rabbia perchè sua moglie portava Chypre, il profumo del suo principale concorrente. In realtà, si pensa che Guerlain lavorasse sul nuovo accordo già da alcuni anni prima del lancio di Coty nel 1917.